Od 1666 do 1669 roku organmistrz Christoph Klose z Brzegu pracował nad pierwszym instrumentem organowym dla Kościoła Pokoju. Poświęcono go 23 września 1669 roku, w rocznicę wytyczenia placu pod budowę świątyni – wtedy też zabrzmiał po raz pierwszy.

Duże organy, które zajęły całą zachodnią ścianę Hali Zmarłych, były kilkakrotnie naprawiane i zmieniane. Wiek później powstał właściwie nowy instrument, z dawnego wykorzystano stół gry, wiatrownice i niektóre głosy. Autorem przebudowy był Petrus Zeitzius, organmistrz z Ząbkowic Śląskich. Wtedy też, w drugiej połowie XVIII wieku powstał barokowy prospekt organowy, który istnieje do dzisiaj.

Ponownie przebudowano organy w 1802 roku, w 150. rocznicę utworzenia parafii, natomiast największe zmiany wprowadziła w 1882 i 1909 roku świdnicka firma Schlag und Söhne. Wymieniono m.in. część piszczałek, wiatrownice i miechy, wprowadzono w 1909 roku zasilanie elektryczne.

Na prospekcie Zeitziusa umieszczono kartusz z inskrypcją: „Zbudowane w 1669 roku, ozdobione w 1778 roku, odnowione w 1882 roku”. W 2016 roku bp Waldemar Pytel poświęcił organy, które zabrzmiały po dwóch dekadach milczenia spowodowanego złym stanem technicznym. Po gruntownym remoncie w niemieckiej firmie Scheffler ponownie rozbrzmiewają w Kościele Pokoju.